Η 2η Αναθεώρηση του Ε.Π. Μ.Δ.Τ. η οποία πραγματοποιήθηκε τον Ιούλιο του 2018 αφορά με τη σειρά της σε αλλαγή των χρηματοδοτικών πινάκων του Προγράμματος, λόγω α) μεταφοράς πόρων ύψους 6.948.280,00€ Δ.Δ. ή 5.365.433,00€ Κ.Σ. από τον Θεματικό Άξονα Ι στον Θεματικό Άξονα ΙΙΙ (ΕΚΤ) για τη συγχρηματοδότηση των σχολών Ε.Κ.Δ.Δ.Α. και Ε.Σ.Δι., με αντίστοιχη αύξηση της τιμής των σχετικών δεικτών εκροής και β) μεταφοράς πόρων ύψους 80.000.000,00€ Δ.Δ. ή 62.204.801,00€ Κ.Σ. από το Ε.Π.ΑΝ.Ε.Κ. στον Θεματικό Άξονα ΙΙ για τη συγχρηματοδότηση του μεγάλου έργου «ΣΥΖΕΥΞΙΣ ΙΙ». Επιπλέον, πραγματοποιήθηκαν τεκμηριωμένες αλλαγές σε ορισμένους δείκτες, είτε κατάργησή τους, είτε προσθήκη, είτε αλλαγή της τιμής στόχου για το 2023, είτε αλλαγή τίτλου. Τέλος, επικαιροποιήθηκε και η στρατηγική του Ε.Π., ούτως ώστε οι στρατηγικοί στόχοι του Προγράμματος να καλύπτουν την επικαιροποιημένη λογική παρέμβασης.